Los principales objetivos de AMEFIT son:

1. La promoción y difusión del conocimiento científico sobre fitoterapia y fitomedicamentos, en particular buscando su adecuada aplicación en la clínica.

2. El intercambio de conocimientos y experiencias sobre el tema con otras asociaciones y otras organizaciones públicas o privadas a nivel nacional e internacional.

3. Organizar cursos, seminarios, congresos y otras actividades similares con el propósito de difundir el conocimiento científico en fitoterapia y uso de los fitomedicamentos entre los profesionales de la salud.

4. Representar los intereses académicos de sus miembros ante los organismos públicos o privados, nacionales o internacionales relacionados con el tema.

5. Fomentar la colaboración entre sus miembros para la realización y coordinación de estudios y tareas de investigación sobre fitomedicamentos en general y, en particular, de los obtenidos a partir de plantas medicinales mexicanas.